Choisie comme centre pilote dans la démarche qualité par la DGTCP depuis le 25 mai 2005, la TGY est certifiée ISO 9001 version 2000 en 2008 puis version 2008 depuis le 21 octobre 2011.
Conformément à cette norme, la structure organisationnelle de la Trésorerie Générale de Yamoussoukro s’est modifiée, dans le but de satisfaire les attentes des usagers à travers dix processus. Ces processus se subdivisent en trois groupes que sont :
Les processus de management : ce processus permet de rechercher les informations et de trouver les actions à mener pour la satisfaction des usagers. Il comporte :

• Le PM1 (Gérer l’écoute client) : il consiste à recueillir des informations relatives aux besoins et attentes des clients ;
• Le PM2 (manager la qualité) : c’est le processus superviseur de la politique qualité. Son rôle est de prévoir les grandes lignes et les actions à effectuer ;
• Le PM3 (Gérer la communication) : il a pour rôle d’assurer la diffusion des décisions prises aux agents et usagers ;

Les processus de réalisation : ces processus regroupent l’ensemble des activités propres à la mission des Trésorerie Générales. Ils sont au nombre de quatre :

• Le PR1 (Mobiliser les ressources financières publiques) c’est-à-dire recouvrer les recettes fiscales non enrôlées et les recettes non fiscales de la circonscription financière de Yamoussoukro ;
• Le PR2 (Gérer la Trésorerie de l’Etat) c’est- à -dire centraliser les ressources nécessaires pour couvrir les dépenses, assurer la mise à disposition des fonds aux services demandeurs, surveiller le niveau de l’ encaisse et allouer les ressources au sein de la circonscription financière ;
• Le PR3 (Exécuter les dépenses publiques) il s’agit de payer les dettes des services déconcentrés de l’Etat et de la commune ;
• Le PR4(Comptabiliser et produire les comptes de gestion) il s’agit de procéder aux enregistrements comptables des différentes opérations de la Trésorerie Générale de Yamoussoukro, réceptionner et contrôler les pièces justificatives et les notifications de crédits, effectuer les reports dans les fichiers « compte de gestion », assurer la clôture de l’exercice, constituer les liasses et transférer les comptes de gestion consolidés.

Les processus supports : Ces processus gèrent l’ensemble des éléments sur lesquels repose le bon fonctionnement de la politique qualité. Ils sont au nombre de trois :

• Le PS1 : gérer les approvisionnements en matériels, infrastructures et logistique. Il fournit le matériel nécessaire à l’exécution des tâches.
• Le PS2 : il  a pour mission le suivi du personnel en  mettant en exergue le code de déontologie du Trésor et d’exhorter à la responsabilisation  et à l’engagement.
• Le PS3 : il permet de veiller à la sécurité du personnel par la mise en place de conditions adéquates au service, à la sécurité financière (le contrôle de la disponibilité en caisse, des valeurs inactives et des régies de recettes).

Pour accomplir cette mission et satisfaire ses usagers, la Trésorerie Générale de Yamoussoukro compte un effectif de cinquante quatre(54) agents qui exercent leurs activités à travers un système d’organisation et de fonctionnement.